Projekt utworzenia szkoły średniej w Puszczykowie zrodził się w latach sześćdziesiątych. Ówczesny przewodniczący Wojewódzkiej Komisji Planowania Gospodarczego w Poznaniu, Witold Hempowicz, zaproponował zbudowanie liceum z internatem w centrum Wielkopolskiego Parku Narodowego. Na stanowisko dyrektora przyszłego liceum została powołana Teresa Szymendera, inspektor Wydziału Oświaty i Kultury w Gnieźnie.
Pani Teresa Szymendera przybyła do Puszczykowa 1 maja 1964 roku i rozpoczęła organizowanie szkoły oraz rekrutację na rok szkolny 1964/65. W nowym liceum zostały utworzone dwie klasy ósme z ogólną liczbą 82 uczniów, które 1 września 1964 roku rozpoczęły naukę opartą na systemie szkoły jedenastoletniej. Początkowo zajęcia odbywały się w dwóch salach lekcyjnych Szkoły Podstawowej nr 2 w Puszczykowie i właśnie z tej szkoły byli pierwsi nauczyciele liceum. Gdy liczba uczniów wzrastała kierownik szkoły podstawowej, pan Andersohn, oddał do jej dyspozycji na parterze całe prawe skrzydło budynku z czterema salami lekcyjnymi oraz pomieszczeniem dla dyrektora i pracowników administracji. W świetlicy urządzono także stołówkę dla uczniów. W tymczasowych pomieszczeniach, w maju 1968 roku, odbyła się pierwsza matura. Świadectwa dojrzałości otrzymało 51 absolwentów. W tym czasie trwały już prace związane z budową nowego gmachu liceum oraz internatu. 12 listopada 1967 roku nastąpiło umieszczenie aktu erekcyjnego w murach nowego liceum. Zakończenie budowy nastąpiło w sierpniu 1968 roku. W nowym gmachu było 14 sal lekcyjnych, 5 gabinetów, pracownia techniczna, świetlica, pokój nauczycielski, gabinet dyrektora i wicedyrektora, sekretariat, gabinet dentystyczno-lekarski. Powstała także sala gimnastyczna, internat i dom dla nauczycieli. Przed wprowadzeniem się do nowego gmachu młodzież wraz z nauczycielami pracowała społecznie przy sprzątaniu sal lekcyjnych oraz pomieszczeń w internacie. Normalny tok pracy liceum rozpoczął się we wrześniu 1968 roku. Miesiąc później 44 wychowanków zostało przyjętych do internatu. Uroczyste otwarcie szkoły odbyło się 26 listopada 1968 roku. 26 czerwca 1971
roku nastąpił drugi ważny moment w życiu szkoły – nadanie jej imienia. Na patrona wybrano wielkiego astronoma – Mikołaja Kopernika.Symbolem wizualnym jest po dziś dzień sgraffito na elewacji budynku przedstawiające słońce i znaki zodiaku. Dzieła tego dokonali miejscowi artyści – Maria i Stanisław Ewiczowie. Wewnątrz budynku umieszczono portret patrona namalowany przez Marię Ewicz. 19 lutego 1973 roku , w 500-lecie urodzin Mikołaja Kopernika odbyła się uroczystość, która zapoczątkowała późniejsze obchody Dnia Patrona Szkoły. Kulminacyjnym punktem uroczystości było wręczenie szkole sztandaru.
Do roku 1977 liceum znajdowało się w najwyższej fazie swego rozwoju. Przybywało młodzieży, przyjmowano uczniów do sześciu klas pierwszych, rozbudowywano gabinety, tworzono nowe, uzupełniano pomoce naukowe itd. Od 1973 roku wprowadzono do szkoły profil sportowy. Młodzież dwóch klas sportowych mogła wybrać jedną z trzech dyscyplin: lekkoatletykę, piłkę siatkową lub koszykową. Został powołany Szkolny Klub Sportowy Juvenia, którego zawodnicy osiągali znaczące wyniki w skali województwa i kraju.
We wrześniu 1974 roku ze względów zdrowotnych odeszła ze stanowiska dyrektora p. Teresa Szymendera , a na jej miejsce został powołany Marian Różycki, dyrektor Szkoły Podstawowej nr 2 z Lubonia. Następne lata przynoszą spadek liczebności klas związany z niżem demograficznym, jednak ta sytuacja nie hamuje pracy dydaktyczno-wychowawczej szkoły. Rozwija się ona dobrze uzupełniana osiągnięciami sportowymi, pracą biblioteki, internatu, kółek i organizacji.
W kolejnych latach funkcję dyrektora szkoły pełnią: Krzysztof Deptuła, Magdalena Fręśko, a od 2006 roku Przemysław Budzyński, polonista, wcześniej pełniący funkcję wicedyrektora placówki.
Oprac. na podstawie „25 lat Liceum Ogólnokształcącego im. Mikołaja Kopernika w Puszczykowie”